FLACSO Guatemala inicia actividades en 1987, en coincidencia con el ambiente propicio que ofrecía la transición a la democracia. Fué reconocida por el Estado de Guatemala por medio del Decreto Legislativo 96-87

Principió como Proyecto para convertirse en Programa en agosto de 1989 (CS XIII/08, México D.F., 8/28/1989), y luego en Sede Académica en 1998 (Resolución AGO XII/05, México D.F., EL 15 de mayo de 1998,al ratificar la Presidencia de la República el acuerdo inicial firmado en 1987

Ser sede constituye un reconocimiento a la calidad de trabajo desarrollado por la Facultad, tanto por parte del sistema FLACSO que lo acredita, como del Estado de Guatemala en el que dicha unidad funciona, e implica que la docencia y la investigación se realizan de forma permanente